从改革开放初期上海“星期日工程师”为苏浙的企业提供技术支持，到上世纪80年代“上海经济区”的倡议与探索，进入21世纪之后，长三角初步形成了以企业为主体，政府、大学、科研院所、中介组织和金融机构等密切协作、联动发展的区域协同创新体系，但总体上处于初级阶段。长三角一体化发展上升为国家战略，长三角创新体系一体化发展应从“资源要素的市场化、颠覆技术的集群化、实体产业的融合化、区域空间的网络化”四个方面着力，打造长三角科技创新共同体与协同创新集群。
资源要素的市场化。在体制机制环境方面打破影响区域间生产要素自由流动和优化配置的障碍，使得创新资源要素跨区域、跨产业、跨部门、跨所有制合理流动。破除地方行政壁垒，最大限度地实施地区间的竞合开放，推进区域创新体系一体化。
颠覆技术的集群化。当前，新一轮科技革命和产业变革加速重构全球创新版图，关键核心技术是各国竞争的战略重点，长三角协同创新体系瞄准世界科学技术前沿和国家重大战略需求，实施群体式、战略性的颠覆式创新，在科技前沿领域关注新兴技术原创能力，引领产业变革。
实体产业的融合化。与珠三角相比，长三角工业门类更齐全、工业基础更强更雄厚，这是确立人工智能等新兴技术融合发展先发优势的条件与基础。尽管新一轮人工智能技术在消费端产生了互联网巨头，但目前却尚未更具意义地打通制造业的生产端。区域创新体系一体化发展就是要在新一轮科技革命中贯通制造业全产业链，赋能实体经济。
区域空间的网络化。找准长三角创新体系一体化发展的功能定位，打造最具经济活力的创新资源配置中心，发挥上海科创中心的龙头引领作用，以长三角创新体系一体化发展的要求建设上海科技创新中心，逐步构建核心引领、轴带支撑、全域协同的创新网络化空间格局。进一步集聚全球的科技创新资源，发挥上海作为科创中心的主枢纽功能，建设合理有序的创新节点城市。
此外，需要强调的是，创新产业集群是区域创新体系一体化发展的重要载体。在开放型经济中，产业集群与全球价值链交互耦合，在共同的演化中实现高水准的产业升级，这些通过全球生产网络实现产业升级的过程，既是国内一体化发展的表现，也是参与国际分工、实现国际市场一体化的发展过程。要以“超区域协调机构”+“跨区域协调机制”+“创新财税制度”推进创新产业集群建设，推进资源要素配置的合理化。
目前，就创新体系建设的目标而言，上海建设“具有全球影响力的科技创新中心”，浙江建设“‘互联网+’世界科技创新高地”，江苏建设“具有全球影响力的产业科技创新中心”，安徽建设“有重要影响力的综合性国家科学中心和产业创新中心”。长三角迈向高质量一体化发展，必须要加强规划对接，战略协同，以期在重大科研基础设施布局规划、重大科技计划及行动部署、重要科技创新政策设计和制度安排等方面取得一致行动。
