长江三角洲（下称“长三角”）区域范围包括上海市、江苏省和浙江省，是我国人口集聚度最高、城市化发展最快、经济活力最强的区域。长三角面积约占全国的1/50，人口约占全国的1/10，但创造了占全国1/5以上的GDP和1/3以上的货物进出口总额，实际使用外商直接投资占全国的53%，始终走在全国改革开放和现代化建设的前列。2008年，国务院常务会议审议并原则通过《关于进一步推进长江三角洲地区改革开放和经济社会发展的指导意见》时指出，长三角地区是“中国综合实力最强的区域”，在社会主义现代化建设全局中具有重要战略地位和带动作用。长三角以区域整体的新形象参与激烈的国际竞争，同时把先进技术和管理经验向沿江、沿海和其他地区辐射，促进全国整体经济素质和国际竞争力提升，充分发挥了窗口和桥头堡的作用。
与此同时，区域资源和生态环境问题也成为该地区面临的共同问题。耕地资源被非农项目大规模占用，土壤重金属和有机物污染日趋严重，大气和水污染问题突出，二氧化硫和氮氧化物浓度仍呈上升趋势。以煤为主的能源消费和大量的机动车尾气排放，使困扰长三角地区多年的酸雨问题不能得到明显缓解。京杭运河长三角地段的水资源受到不同程度的污染，总体水质逐年下降。长江和钱塘江的南京、上海、南通、镇江等江段均出现明显的岸边污染带。区内75%以上的湖泊出现明显的富营养化现象，氧化物超标对水源地构成明显影响。因长期超采地下水，引起区域性地面沉降，苏锡常和杭嘉湖范围近1万平方公里，已经形成了最大的沉降中心。沿沪宁铁路带，已经形成了8000多平方公里的地下水下降漏斗，地下水供给量日益减少。外来物种入侵，在长三角地区迅速蔓延，仅上海市一年就要从水体中打捞出80万吨水葫芦。长三角湿地生态系统功能逐步下降。
为加强区域生态环境保护，近年来长三角搭建了环境保护重点领域的合作平台，在区域环境管理政策的制定和实施、水环境综合治理、大气污染控制、环境监测和联合执法等方面进行了共同探索与合作，取得了一定的成效，但是区域生态环境的总体状况并没有得到根本性改变。主要原因在于：（1）缺乏坚实有力的生态环境合作机制。长三角虽然初步形成了多层次的区域环境合作框架，但这种松散型的行政磋商，缺乏强有力的组织保证和财政保障，跨界生态环境保护的总体规划、任务分解和重大政策难以落实。当各行政区的经济社会发展与跨界的环境保护、生态建设产生矛盾时，牺牲的往往是区域生态环境整体利益。（2）生态环境保护处于条块分割的状态。虽然长三角“两省一市”都有各自的生态环境保护规划和主体功能区规划，但整个长三角还没有形成以生态和资源为基础的协调统一的主体功能区规划。因此，“两省一市”在产业的准入及淘汰标准、生态环境的补偿和保护范围方面均有差别。（3）缺乏有约束力的联合执法机制。跨界的生态环境质量监测、评价体系还不完善，统一执法的目标、法规和标准还有待建立，联合执法的权威性有待加强。为此，建立具有决策系统、执行系统、监测系统和咨询系统的综合性长三角区域生态环境合作机制成了当务之急。
1.建立有权威的协调机制。在现有框架下，可以通过“两省一市主要领导座谈会制度”和“协调发展联席会制度”，为区域生态环境合作提供有力保障。其主要任务在于，统筹规划区域生态环境建设的合理布局，制定关于环境合作的长期规划与发展战略，加强区域环境立法的合作与协调。这样，既有利于区域环境立法，也使区域生态环境保护有目标、有保障、有落实、有考核。
2.建立统一的标准和规划。以国家生态环境指标体系为指导，建立长三角地区统一的废弃物和污水排放标准，实施污染物总量控制；共同制定主体功能区规划，尽可能地深化和细化生态环境管制区等级与范围，并制定和落实生态环境保护的重大管控政策；统筹规划区域性环保基础设施建设，如区域生活饮用水系统、污染防治工程、生活垃圾无害化处置设施、工业固体废弃物收集处置系统、生态功能保护与恢复项目等。同时，根据统一的生态环境规划指标，划分区域水源保护区，制定水域保护条例，加大太湖、杭州湾、长江等重点流域的水污染防治和综合整治力度，加强近岸海域生态环境保护和海岸带生态系统的修复，实施海域生态环境的综合整治。
3.建立统一的监测网络。建立长三角统一的生态环境监测网络，对生态环境的敏感区域、重大环境污染事件、环境保护需求和重点企业环境治理等实现信息共享；定时、定期地向“两省一市”的有关部门通报生态环境的动态监测结果和跟踪管理信息，及时形成环境监测形势分析报告，为制定长三角生态环境建设的重大政策提供决策依据。
4.建立联合的执法机制。强化跨区域入河排污口登记制度和审批制度，对重要的水功能区和入河排污口进行实时监控，重点加强饮用水水源保护区管理；加强黄浦江上游地区、太湖流域、沿长江以及近岸海域等区域的水污染治理和污染事故防护；完善区域常规性联合检查机制、突发性污染事件的事故处置机制和污染防治基础设施的共建共享机制。通过成立长三角联合监测队伍，对区域敏感环境目标以及水质断面进行联合监测，联合制定对策、联合实施、联合执法，实现治污方式由分散向相对集中的转变。
5.建立完善的生态补偿机制。长三角地区土地、水、能源和其他重要资源的供给价格还不能客观地反映其稀缺程度。因此，长三角在建立流域生态补偿、排污权交易和生态功能区补偿等机制的基础上，水价机制、污染物排放的价格约束机制、污染治理的收费机制、自然资源有偿使用和价格形成机制、环境保护和生态恢复的经济补偿机制、环境保护的基础设施建设和运营的市场机制等等，都需要逐步建立和完善。
6.建立科学的风险管理体系。长三角地区水源地建设和保护相对薄弱，危及城乡饮水安全。地下水超采严重，将会引发一系列地质灾害。为此，需要将区域风险管理体系作为长三角生态环境合作机制的一项重要内容，依据防洪规划，实施分类管理，编制和完善重要流域、重点地区和重点城市洪水风险图，形成跨界洪水影响评价体系和河道风险管理制度，建立一套科学的区域风险管理体系。
