长三角是以行政区划为基础的协调区域，因此需要一个包容性很强的协调机制. 从现状来看，长三角在行政区划范围内，建立了一系列的区域性的协调体制与机制, 经过多年实践，长三角区域合作已进入多形式、宽领域、深层次的实质性深化提升阶段，形成了具有长三角区域包容性特点的五个转变。区域合作层级不断提升，逐步向深层次的国家战略转变。区域合作由有限范围向以市场为主体的区域一体化转变。区域合作由自发活动向自觉规范的制度对接转变。区域合作由政府单个部门向多个部门以及社会协同推进转变。区域合作由经济合作向经济、社会和文化全面合作转变。但是, 在包容性协调中，归纳起来主要存在五个方面的问题。
其一，长三角区域规划的互动合作机制缺乏包容性。主要表现在以下几个方面. 一是规划体系不健全，顶层设计不足。国务院正式发布《关于依托黄金水道推动长江经济带发展的指导意见》以来，国家和地区颁布了大量相关战略规划，各地也相应出台了贯彻落实《意见》的实施意见，制定了具体分工方案，但在规划体系衔接上存在一定不足，主要体现在：各类专项发展规划与国家和长江流域发展规划的衔接不足，地方的重要布局要与长江流域重大基础设施（如公路、港口、航运建设等）、重要资源开发（如水资源、海岸线开发、能源开发等）、突发公共事件应急资源（如应急救援物资、救援队伍、避难场所等）等衔接不足，地方的区域功能定位与长江流域总体功能布局衔接不足，以及地方的实施措施与长江流域区域统一的政策框架衔接不足。同时规划体系的顶层设计不健全，由谁牵头和协调主体不明确, 二是长江沿岸港口结构不尽合理，分工不明确。随着长江干线航道治理，长江下游通航能力、航运效益得到了较大提升。但由于长江港口群发展缺乏统筹规划，发展不平衡，功能分工不合理，结构性矛盾突出，未能从分工协作关系上考虑如何形成整体合力。各港口纷纷提出了未来发展方向与目标，南京港提出建设区域性航运物流中心，南通港提出建设上海国际航运中西北翼组合强港，太仓港提出建设近洋直达集散中心、内贸转运枢纽、远洋中转基地，泰州港提出建设大型深水直挂港，缺乏统一的规划协调导致了港口建设中普遍存在着不合理竞争、重复建设、岸线利用粗放等现象，导致岸线资源浪费。
其次，市场一体化建设机制缺乏包容性。主要表现在以下几个方面。一是大通关建设有待提升。长江大通关体制改革进展较快，实现了长江经济带12 个海关通关一体化以及特殊监管区域及保税监管场所出境环节区域通关一体化改革，但实际实行中仍存在一定问题。海关部门与公共平台对接不足，跨区域外贸货物流动受限；海关系统为单一平台，缺少区域性分中心，对区域性政策调节空间不足，操作性较差；特殊监管区优惠政策不到位，对外优惠政策较多，对内优惠政策较少，影响企业发展；海关查验部门人员编制有限，数量不足。二是统一市场体系建设有待完善。长三角构建长三角地区统一开放、竞争有序的市场体系的过程中，强化市场规则对接，增强信息共享，着力消除市场壁垒，提高资源配置效率和公平性。
其三，生态环境协同保护治理机制缺乏包容性。主要表现在以下几个方面。一是资源要素短缺，环境问题仍然突出。随着长三角的迅速发展，带来区域环境容量严重不足，影响社会经济的进一步发展，区域环境质量难以根本改善，现代化进程受到制约。同时由于区域经济的高速发展与产业结构调整速度的滞后造成区域污染物排放居高不下，区域环境减排压力巨大。即使在积极的环境建设努力下，实现环境保护硬约束目标的压力仍然相当大。二是水污染严重，生态环境影响较大。上海处于长江、太湖流域的最下游，水环境保护形势严峻。随着长江沿岸城市带开发建设，以及三峡、“南水北调”等重大水利工程引、拦、蓄、调水力度的加大，对长江口水、沙、盐情况变化影响较大，从而影响湿地形成、水生态功能和供水安全，流域水环境污染对长江口生物多样性也有较大影响，长江口生态系统受到威胁。三是区域生态安全屏障脆弱，区域环境联防联控联治有待加强。长三角坚持源头治理，加强区域环保措施联动，积极推动区域污染治理机制转变和政策优化调整，取得一定成绩.
其四，公共服务和社会治理协调机制缺乏包容性。主要表现在以下几个方面。一是大量流动人口使社会管理能力不足。长三角地区外来流动人口数量巨大，大部分从业人员长期处于流动状态，不利于提高人员的素质，阻碍了这些行业技术水平的提高，使得流动人口的劳动力市场报酬过低，缺乏社会保障。随着时间的推移，在城市中逐步沉淀下一批收入低下而又缺乏社会保障的人员，形成了一个城市贫困群体，各种社会矛盾由此而引发。二是公共服务一体化水平有待提高。长三角地区社会保险、人事人才、劳动监察等各项合作协议和合作体制机制逐步完善。但地区社保经办机构间的沟通协作不足，地区养老保险关系转移接续沟通机制有待完善。区域性医疗保险信息化管理合作平台建设、医疗保险经办管理信息化水平有待提高。食品安全联动协作机制和风险会商评估机制缺乏统一协调、相互协作的。对区域内食品安全违法犯罪行为打击和食品安全风险防范联防联控有待加强。三是行政体制与应急体制不一致。突发公共事件具有跨地域性和突发性，各级政府通常通过临时的应急指挥部来处理紧急的事务。长三角区域跨行政协调、指挥主要采用跨区域的联席会、沟通会或者区域领导人高层会议的形式，多带有象征性的宣示意义，而缺乏跨区域的行政权威，很难实现区域内跨越行政区界限或功能区界限的更大范围的公共服务合作，协调结果难以保证。四是区域应急协调缺乏法律法规制度保障。当前长三角内政府间合作，主要依靠的是非制度化的合作协调机制，政府间的共识达成大多是靠地方领导人的承诺来保障，缺乏法律效力和稳定性。在应对突发公共事件时，各地方政府间合作一般采取集体磋商或者应急联络的形式，没有固定的谈判机制，在涉及实质性利益问题时，往往由于分歧太大而无法协调合作，影响对公共事件的应急处理。
为了完善长三角包容性协调体制机制, 提出几点建议. 其一，加快推出国家层面的顶层设计与统筹协调机制。长三角统筹要走出新路子，必须在国家战略层面有新的突破，其中战略实施机制的创新突破是重要方面。一是要有长三角战略的系统规划。长三角发展战略必须要从跨区联动的格局出发，在生态、城镇化、交通走廊、上中下游产业布局、区域发展格局等方面进行全局考虑，而且需要有目标取舍。二是研究制定《长江法》。将长三角放在长江发展战略中去思考，以法的形式确定下来，设定底线与红线。三是明确部门、地区间跨区域合作机制的主要形式、权利与义务。四是强化区域合作监督考核。
其二，加强建设部门条线的流域性与跨部门协调机制。目前很多跨区域协调工作，并不是受制于区域之间的壁垒，而是受制于区域与部门之间、部门与部门之间的不协调。建立关部门要专门针对长三角形成规划与工作机制。目前，长三角建设推进最顺利是交通基础设施工作，其得益于前期文件中对于立体综合走廊进行进行了详细阐述与项目跟进。长三角需要建设流域性与专项部门相结合管理机制。建立长三角生态保护机构。建立全流域的水资源调度统一平台。建立长三角港口联盟。建立多式联运发展的部门协调机制。
其三，推进省市区域间的跨地区合作发展机制。长三角各区域均在大力推进跨区域合作，各地区可拟出区域一体化合作可供选择的内容清单，各区域根据自身发展阶段与条件，逐步推进。鼓励区域合作的多层次化、多样化。合作机制与内容可以灵活。鼓励城市群内各级政府间的跨行政区合作，形成都市圈。更多地引入市场化手段，实现利益的市场化共享。通过园区合作、项目合作、企业合作等形式，推进区域合作发展。
