长三角高质量一体化发展关键在于体制机制创新，应紧紧围绕一体化的主要内涵，以制度构建和体制机制一体化为主线引领长三角高质量一体化发展。
第一，创新生态保护一体化体制机制。以河流为例，一条河流对于上、中、下游城市的功能意义不尽一致，可能是饮水的取水口，可能是污水的排污口，这也造成不同城市对同一条河流环保的要求不一致。目前，长三角开始实行生态环境保护联防联治，在部分区域内创新试点，逐步探索形成生态治理“3＋1”模式，即实行生态环境标准、环境监测监控体系、环境监管执法的“三统一”制度，同时建立生态补偿机制，推动跨部门、跨区域协调机制不断完善。下一步，应该在水、气、土壤等各个领域，在更大区域范围内，全面推行这种做法。
第二，创新基础设施一体化体制机制。打造综合化、网络化、多样化、便捷化的交通体系。目前，长三角已经打通了数十条“断头路”，开通了数十条省际毗邻公交线路，建成并运行了全国第一条跨省轨道交通。未来，还要加强港口群合作，优化航空运输网络，在数字化基础设施、重大科技基础设施等领域探索共建共享。
第三，创新市场建设一体化体制机制。长三角区域布局一体化市场建设，要统一市场规则、信用治理、市场监管。同时，发挥各城市特色和优势，形成区域化的市场网络，尤其注重建立统一的金融、信息、人才、技术、产权等要素市场，这需要进一步打破区域门槛、构建互认机制。
第四，创新产业发展一体化体制机制。各城市依据不同发展阶段和功能层次选择支柱和特色产业，推动不同规模、类型城市产业分工与协作，塑造具有区域整体竞争力的产业链供应链。建议由各城市联手共同建设长三角产业发展合作区，设立长三角承接产业转移示范区，并在一些重要领域建立产业发展联盟。
第五，创新城市体系一体化体制机制。城市空间布局科学合理，一体化才能变成现实。长三角要联手构建以中心城市为核心，由不同等级规模的城市所组成的城市区域**体，形成高度发达的分工协作关系。同时，要构建长三角区域一小时、二小时及三小时经济圈，形成长三角大都市圈的核心区、大都市区、大都市扩张区及大都市连绵带等圈层。此外，长三角要加强城市体系与城市布局规划，搭建错落有致的框架体系，协调好大都市、中小城市、城镇发展，也要兼顾农村城镇化及乡村振兴进程。
第六，创新制度架构一体化的体制机制。目前，长三角地区已经形成了以主要领导座谈会、长三角合作与发展联席会议、长三角城市经济协调会、长三角市长联席会议等构成的协商协调机制，合作成果不断显现，区域大气污染防治协作、税收协同执法、通关一体化、交通卡异地通用、医保异地即时结算等政策难题相继破解。下一步，应该把着力点放在推进长三角政务服务跨省“一网通办”、社会治理跨省“一网通管”，这两张跨省的网络建立起来了，一系列新的制度架构便会随之形成。
对于长三角一体化发展来说，跨区域实现体制机制乃至政策措施一体化是最难啃的“硬骨头”。要充分发挥长三角生态绿色一体化发展示范区的先锋作用，让改革任务在示范区集中落地、率先突破、系统集成，特别要推动规划管理、生态保护、土地管理、项目管理、要素流动、财税分享、公共服务政策、公共信用八个方面深化改革，形成共同行为准则，让示范区成为跨区域制度创新和政策突破的“样板间”。
