《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》是指导长三角地区当前和今后一个时期一体化发展的纲领性文件，体现了中央对长三角更高质量一体化发展的要求。据统计，《规划纲要》中直接涉及到南京的任务就达32项。同时，南京作为江苏省会、东部地区重要中心城市和长三角特大城市，在长三角一体化中扬江苏之长、发挥辐射示范作用的过程中必将发挥更大的作用。
扬江苏制造之长。《规划纲要》指出，苏浙皖各扬所长，其中江苏要扬制造业发达和开放程度高之长。南京是推进沿沪宁产业创新带的主要节点、苏南自主创新示范区的生力军，正在推进江北新区的“芯片之城”和“基因之城”建设。在推进制造业高质量发展过程中，南京坚持走自主可控高端化发展的路子、数字支撑智能化发展的路子、低碳集约绿色化发展的路子、二三产业融合化发展的路子，必将在打造具有全球影响力的科技产业创新中心和具有国际竞争力的先进制造业基地中做出新的贡献。
发挥科教资源优势。实施科技创新战略需要将科教资源丰富的重点城市作为创新节点，更要通过分工和协作充分利用长三角的创新要素。《规划纲要》把“创新共建”放在规划原则首要位置，提出联合开展卡脖子关键核心技术攻关，这就是要以长三角为整体参与国际竞争，体现国际竞争力。南京众多的大院大所和大中型科技企业是长三角协同创新的重要力量，应当成为牵头进行联合技术攻关的生力军。《规划纲要》鼓励长三角地区一流大学、科研院所到科教资源相对薄弱地区办学，推动高校联合发展，加强与国际知名高校合作办学，共同发展职业教育，做大做强江苏软件等特色教育集团。南京要发挥科教资源优势，通过联合办学、网络教学等方式，将南京科教资源扩散到整个长三角范围，实现资源共享。
做好都市圈跨界融合示范。《规划纲要》要求加强长三角都市圈间合作互动，高水平打造长三角世界级城市群；加强南京都市圈与合肥都市圈协同发展，打造东中部区域协调发展的典范，建设宁杭生态经济带，强化南京都市圈与杭州都市圈协调联动。都市圈发展思路的前提是要有打破区域行政区划界限的微观机制。过去江苏昆山等地由于产业发展的自然规律，成为上海都市圈的主要组成部分；安徽的马鞍山、滁州等地因为地缘相近、人缘相亲，较早成为南京都市圈成员，在省市交界地区的跨省都市圈建设中走在一体化前列。《规划纲要》对于打破行政界限的跨界融合发展提供了现实抓手：省际毗邻区域协同发展、省际产业合作园区、推动跨界生态文化旅游发展，这将为南京都市圈建设提供新的活力。
强化枢纽地位。交通建设是南京枢纽建设的根本，要加快空港、海港、高铁、高速公路等重要交通枢纽的高水平建设。按照《规划纲要》要求，优化提升南京区域航空枢纽功能、加快建设长江南京以下江海联运港区、推动北沿江高铁、沿江高铁武合宁通道等规划项目开工建设，推进宁杭二通道的规划对接和前期工作，加快推进宁马、合宁、京沪等高速公路改扩建，提升南京与主要城市之间的通达效率。与此同时，要努力建设南京信息枢纽中心，支持北斗导航系统等先进技术在南京的率先应用，建设南京位置服务数据中心。把枢纽经济的高质量和创新性建立在交通枢纽、信息枢纽、科技枢纽的综合基础之上，充分释放南京在科教人才、历史文化、产业金融等方面的优势，带动城市功能品质整体提升，提升城市经济社会发展能级。
打造双向开放高地。南京是全国深化服务贸易创新发展试点城市、全国跨境电商综合试验区，要努力构建跨境电商枢纽，与兄弟城市合力打造全球数字贸易高地。发挥南京作为长三角特大城市在集聚总部经济方面优势，积极吸引跨国公司全球总部、区域性总部，以及国内大企业全国性总部或全国功能性总部等“高端”总部。与此同时，将增强全球资源集聚能力、国际资本的承载能力与共建中国国际进口博览会、加强国际合作园区建设等高水平“走出去”的开放平台形成有机统一体，做到“引进来”和“走出去”并重。加快推进国际产业双向合作，加强国际合作园区建设，打造南京的海外“桥头堡”，支持南京企业组团出海。
做好上海自贸区新片区的策应。《规划纲要》将高标准建设上海自贸区新片区作为长三角高质量一体化发展的主要抓手，江苏自贸区南京片区建设正在有序推进之中。南京在自贸区建设中要借鉴学习上海自贸区新片区在投资自由、贸易自由、资金自由、运输自由、人员从业自由等方面的经验和做法，进一步与国际通行规则相衔接，推进投资贸易自由化便利化。在此基础上，南京自贸区要更加注重开展差异化、首创性探索，努力在促进投资贸易便利、监管高效便捷、法治环境规范等方面要形成一系列综合改革成果，让自贸区成为南京全域联动的引擎、制度创新的高地。
